법무부가 이 같은 제도가 도입하게 된데는 흉악범들에게 위치추적 전자장치(전자발찌)를 채우는 등 현행법상의 보안처분 제도만으로는 재범을 막는데 한계가 있다고 판단했기 때문이다. 법무부는 또 대다수 국민들이 흉악범에 대한 격리를 요구하고 있다는 점도 도입배경으로 꼽았다.
법안에 따르면 검사는 △살인범죄를 2회 이상 저질러 상습성이 인정된 때 △성폭력범죄를 3회 이상 저질러 상습성이 인정될 때 △13세 미만의 피해자에게 성폭력 범죄를 저질러 중상해를 입혔을 때 등 일정한 요건을 충족하고 재범의 위험성이 있다고 인정될 때 법원에 피고인의 보호수용을 청구할 수 있다.
법원은 보호수용이 청구된 피고인에게 징역 3년 이상의 실형을 선고하는 때에 한해 1년 이상 최장 7년까지 보호수용을 함께 선고할 수 있다.
이후 징역형 형기를 마치기 6개월 전에 실제로 보호수용이 필요한지 다시 심사해 최종적으로 보호수용 여부를 결정한다.
반면 심사 결과 보호수용이 필요하지 않을 때에는 석방일로부터 2년 이상 7년 이하의 기간을 정해 보호수용 집행유예 결정을 하도록 했다
보호수용은 구치소나 교도소 등 기존의 수형시설이 아닌 별도의 장소에서 이뤄지며 수용자는 횟수 제한 없이 접견이나 서신수수, 전화통화 등을 할 수 있고 전문가를 통한 심리상담을 받게 된다.
사회체험학습, 사회봉사, 가족관계 회복 활동 등도 이뤄지며 필요하면 주말이나 공휴일에 최대 48시간까지 연간 두 차례 휴가를 다녀올 수도 있다.
최저임금 이상 월급을 받으면서 작업을 하는 것도 가능하다.
보호수용된 이들은 6개월마다 심사를 받고 가출소할 수 있다. 이 경우 3년간 보호관찰을 받아야 한다.
가출소는 법무부 차관을 위원장으로 하는 보호수용위원회에서 심사·결정하게 된다.
일각에서는 보호수용제 도입이 범죄자에 대한 실질적인 이중처벌이며 인권침해 소지가 있는 만큼 제2의 ‘보호감호제’가 될 수 있다는 지적을 내놓고 있다. 보호수용제의 전신인 ‘보호감호제’는 전두환 정권 초기인 1980년 도입됐다가 과잉처벌 및 인권침해 논란이 제기돼 2005년 폐지됐다.