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9월 중순부터 주로 발생하는 뒷면곰팡이병은 발생 초기에는 잎 뒷면에 지저분한 이물질이 묻은 듯하고 병세가 심해지면 넓게 펴져 잎 뒷면이 흑갈색이 돼 그을음병과 비슷한 양상을 보인다.
병든 잎은 광합성이 저하돼 약한 충격에도 쉽게 떨어져 열매가 익지 않았을 때 발생하면 구기자 수확량에 큰 영향을 미칠 수 있다. 왕담배나방은 유충이 구기자의 잎이나 열매 표면을 갉아 먹다가 열매 안으로 파고 들어가 열매에 해를 입혀 수확량을 감소시킨다.
이 밖에도 거세미나방, 열점박이잎벌레, 총채벌레 및 가루이류 등과 노지의 경우 탄저병이 발생할 수 있어 주기적인 관찰 및 적기 방제를 통해 병해충 피해를 줄여야 한다. 약제는 구기자에 등록된 것을 살포해야 하며, 특히 왕담배나방은 어린 유충 시기에 5∼7일 간격으로 2∼3회 방제하는 것이 효과적이다. 약제 살포는 유충 활동이 많은 이른 아침이나 저녁 시간에 하는 것이 효과가 크다.
이정 도 농업기술원 구기자연구소 육종팀장은 "구기자는 내한성이 강해 가을 늦게까지 수확 가능한 고소득 작목으로 생육이 양호하고 병해충 발생이 적으면 많이 수확할 수 있다"라면서 "발병 초기 적기 방제하는 것이 매우 중요한 만큼 수확 전 마지막 약제 살포일을 지켜 병해충 피해를 예방하고 최소화해야 한다"라고 말했다.