감사원은 3월 26일 천안함 침몰 후 인근에 있던 속초함이 추격·발포한 레이더 상의 표적물에 대해 “반수정인지, 새떼인지 실체에 대해 결론 내리기 어려웠다”고 밝혔다. 이는 속초함이 새떼를 적으로 오인하고 사격했다는 군당국의 해명을 뒤집은 것이다.
속초함은 사고 당일 오후 10시55분께 사격통제 레이더상에 서해 백령도 북방에서 42노트(시속74㎞)로 북상하는 물체를 포착, 5분간 76㎜함포 130발을 격파사격했다. 이후 속초함은 이날 표적물에 대해 “북한의 신형 반잠수정으로 판단된다”고 보고했으나 해군 2함대사령부가 이를 ‘새떼’로 바꿔 상부에 보고하도록 지시한 것으로 이번 감사원 조사 결과 드러났다.
감사원은 이 표적물에 대해 “속초함장은 이후에도 당시 표적물이 북한 반잠수정이었다고 생각하고 있다”면서 반잠수정에 무게를 싣고 있다.
천안함에 어뢰를 쏘고 달아난 북한 잠수정의 침입·도주 경로도 불분명하다. 서해상 함정 배치와 무기 성능, 군의 작전계획 등을 통한 유추가 가능하지만 감사원은 이에 대해 군사기밀이라는 이유로 공개를 거부했다. 감사원은 또 천안함이 왜 사고 해역으로 기동했는지에 대해서는 밝히지 않았다.
당초 감사원이 중점과제로 꼽았던 구조활동 지연 경위와 구조전력 배치의 적정성 부분도 이번 조사결과에서 빠졌다. 또 침몰 당시 천안함의 대비 태세에 대한 조사도 이뤄지지 않았다.