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일본 외무성은 25일 보도자료에서 수단 체류 일본인 철수와 관련해 "그동안 한국, 프랑스, 독일, 미국, 영국, 아랍에미리트(UAE), 사우디아라비아, 유엔과 국제적십자사 등 많은 국가와 기관의 협력을 얻었으며 진심으로 감사하다"고 밝혔다. 기시다 후미오 일본 총리도 전날 밤 "한국과 아랍에미리트(UAE), 유엔의 협력이 있었다"며 감사의 뜻을 표했다.
마쓰노 히로카즈 일본 관방장관은 이날 기자회견에서 한국과 UAE 등으로부터 어떤 도움을 받았느냐는 질문에 "한국과 UAE 등의 협력을 얻어 하르툼에서 포트수단까지 육로로 이동했으나, 구체적인 협력 내용은 작전과 관련이 있어서 답변을 삼가겠다"고 답했다. 앞서 한국 대통령실은 전날 우리 교민 28명을 수단에서 구출하면서 현지 체류 일본인 몇 명도 함께 철수할 수 있도록 했다고 전한 바 있다.
교도통신 등에 따르면 일본 정부는 전날 수단 동남쪽 지부티에 대기 중이던 C2 수송기를 수단 동부 포트수단으로 보내 일본인과 배우자, 자녀 등 총 45명을 지부티로 철수시켰다. 이후 일본인과 가족 8명이 추가로 철수했고, 항공기 탑승자 외에 4명이 프랑스와 국제적십자사의 도움을 받아 지부티와 에티오피아로 대피했다.
일본 정부는 주수단 일본대사관을 폐쇄하고 지부티에 임시 사무소를 설치했다. 수단에 거주하던 일본인은 약 60명이었던 것으로 알려졌으며 기시다 총리는 대피를 희망했던 사람은 모두 수단을 떠났다고 설명했다.