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전날 일본 국토교통성은 사고 발생 4분 전부터 사고 발생 추정 시각 사이의 하네다 공항 관제사와 항공기 조종사 간 교신기록을 공개했다. 교신기록에 따르면 관제사는 먼저 JAL 여객기에 C활주로 착륙을 지시했고, 해상보안청 항공기에는 활주로 진입 전 유도로의 정지 위치까지 주행하도록 지시했다. 이후 해상보안청 측은 "활주로 앞 정지 위치로 향한다"고 복창했다.
하지만 해상보안청 항공기는 이륙을 염두에 두고 방향을 틀어 활주로에 진입했고 착륙하던 여객기와 충돌하며 화재가 발생했다. 관제사도 지시를 내리고 충돌이 발생하기까지 2분간 해상보안청 항공기의 진입을 눈치채지 못한 것으로 보인다.
앞서 해상보안청 항공기 기장은 "관제사로부터 이륙 허가가 떨어졌다고 생각했다"는 취지의 발언을 해 두 항공기 조종사의 입장이 엇갈린 바 있는데, 교신기록이 공개되면서 해상보안청 쪽 과실에 무게가 실리게 됐다.
요미우리신문은 일본 운수안전위원회가 해상보안청 항공기 측이 관제사의 지시를 착각했을 가능성을 열어두고 조사하고 있다고 보도했다.
한편 JAL은 사고로 516편이 전소되면서 약 150억엔(1368억원)의 손해가 발생할 것으로 전망되며, 영업손실로 계상할 것이라고 밝혔다.